Les noms de fichiers UNIX peuvent très bien comporter des caractères et des longueurs qui ne sont pas compatibles avec les systèmes de fichiers d'autres environnements. Par exemple, les noms de fichiers sont limités à 255 caractères (FFS, UFS, ext2) et sont sensibles à la casse.
Pour spécifier un nom de fichier, il est possible de donner soit un chemin relatif, soit un chemin absolu. Un chemin absolu commence par la racine, notée / et indique univoquement le chemin à parcourir depuis celle-ci jusqu'au répertoire ou fichier désiré. Par exemple /users/schaefer/Mail/un_fichier est un chemin absolu jusqu'au fichier un_fichier du répertoire Mail, lui-même contenu dans le sous-répertoire schaefer du répertoire users. Un chemin relatif commence par un nom de fichier ou de répertoire, ou éventuellement par . ou .. qui représentent respectivement le répertoire courant (anglais: working directory, répertoire de travail) et le répertoire père (celui qui se trouve immédiatement au-dessus du répertoire courant dans la hiérarchie). Par exemple le fichier vu précédemment de façon absolue peut également être atteint de façon relative comme suit, en supposant que le répertoire courant soit /users/schaefer:
Mail/un_fichier ou ./Mail/un_fichier ou encore ../schaefer/Mail/un_fichier. On peut ajouter autant de ./ que désiré (ne change rien), ou des combinaisons de, ../ et de spécifications de répertoire.
Attention, le souligné représente dans les exemples précédents un véritable caractère de soulignement. Il faut noter qu'inclure des espaces dans des noms de fichiers sous UNIX peut compliquer passablement leur accès, car il faudra toujours les entourer de guillemets, vu que le shell utilise le caractère espace comme séparateur.
Pour changer le répertoire courant, on utilise la commande
cd avec comme paramètre le chemin (relatif ou absolu) du
répertoire où l'on veut se rendre: par exemple pour aller
dans le sous-répertoire public on écrira:
cd
public (où le caractère
représente la touche ESPACE).
Pour savoir où l'on se situe dans la hiérarchie, on peut utiliser la
commande pwd. Le répertoire courant est normalement
intégré également dans le prompt du shell. Pour
revenir en arrière d'un sous-répertoire dans la hiérarchie, on peut
utiliser cd.. (soient deux points).
Le répertoire par défaut (anglais: home directory) est le répertoire où l'on se trouve à la connexion. On peut y retourner en entrant une des commandes suivantes, si l'on suppose que l'utilisateur courant est schaefer:
Il faut se rappeler que UNIX est sensible à la casse également pour les noms de fichiers. Ainsi toto et Toto représentent des fichiers différents. Une convention intéressante est de mettre la première lettre des répertoires en majuscule, comme dans Mail, News, Projets. On peut aussi utiliser la forme typée de l'utilitaire ls avec ls -F.
Une convention qui peut être appliquée localement est de créer deux répertoires standards: public, avec accès libre pour les autres utilisateurs et private non accessible par les autres utilisateurs (voir section commande_chmod).