La plupart des applications sous X11 utilisent des entrées dans un fichier de configuration standard .Xresources ou encore .Xdefaults. On redéfinit le clavier, si cela est nécessaire, dans .Xmodmap. Le démarrage de la session s'effectue en général automatiquement depuis .xsession via xdm ou encore manuellement depuis .xinitrc à l'aide de la commande xinit. De plus, la configuration du window-manager se trouve dans un fichier du type .twmrc, .mwmrc, .tvtwmrc ou encore .fvwmrc suivant le type de gestionnaire (twm, mwm, tvtwm ou fvwm qui sont respectivement le gestionnaire X standard, le gestionnaire Motif et le gestionnaire d'écrans virtuels.)
La variable d'environnement XAPPLRESDIR peut être positionnée pour pointer sur un répertoire contenant, pour chaque application (ou objet X11), sous forme d'un fichier, les définitions de ressources par défaut.
Au niveau du système, bien souvent des configurations et ressources par défaut sont stockées dans /etc/X11/Xmodmap et dans les répertoires /etc/X11/Xresources/ et /usr/X11R6/lib/X11/app-defaults/. Des environnements comme KDE influencent les paramètres par défaut (anglais: resources) via le protocole X standard, mais en utilisant leurs propres bases de configuration.